本发明公开了一种基于SERS检测的光纤嵌入式微流芯片及检测装置,微流芯片包括:石英玻璃、微流通道以及光纤SERS探针;微流通道制备于石英玻璃中;光纤SERS探针嵌入石英玻璃中,包括:多模光纤、双孔毛细管和SERS基底;双孔毛细管一端与微流通道相连通,且另一端的两孔中间部分被去除以使得两孔相连通,由此使得样品溶液能够从双孔毛细管一端的一个孔流入然后从另一个孔流出;多模光纤与双孔毛细管的另一端熔接在一起;SERS基底原位制备于双孔毛细管的内壁上;检测装置包括:注射泵、光纤嵌入式微流芯片、激光光源、光谱仪以及分光装置。